南京农业大学动物医学院前身为东南大学畜牧兽医系，创立于1921年，是我国最早的畜牧兽医系之一。1952年全国院系调整时组建南京农学院畜牧兽医系，分设畜牧、兽医两个专业。1984年，南京农业大学动物医学院成立，分设畜牧系和兽医系。1994年，撤系建院成立动物医学院。动物医学院1984年首获博士学位授予权，1992年设立兽医学博士后流动站，1998年获兽医学一级学科博士学位和硕士学位授予权，2007年兽医学一级学科被评为国家重点学科。动物医学院现为国务院学位委员会兽医学科评议组第一召集人任职单位、全国兽医专业学位教育指导委员会秘书处挂靠单位和主任委员任职单位。现有2个部级开放实验室和1个部级工程中心，11个部批和校级研究室或中心。2005年，动物医学专业被评为江苏省品牌专业，2008年评为教育部特色专业。“动物健康与兽医公共卫生”为三期“211工程”建设项目。
动物医学院师资力量雄厚，学科均衡，拥有一支锐意进取、年龄结构合理的学术队伍。现有教职工100名，其中教授29名，副教授、副研究员、高级兽医师、高级实验师30名，讲师、实验师27名。具有博士学位者62名，硕士学位者8名，其中博士生指导教师26名，硕士生指导教师50名。动物医学院现有动物医学和动物药学2个本科专业及动物健康与生产强化班，动物医学专业连续多年位居国内大学同类专业前列。
学院下设三个系，即基础兽医学系、预防兽医学系和临床兽医学系。基础兽医学系有农业部动物生理生化实验室，下设动物解剖学、动物组织胚胎学、动物生理学、动物生物化学、兽医药理学和兽医病理学学科组；预防兽医学系有农业部兽医细菌学实验室和农业部动物疫病防治技术创新中心，下设兽医微生物学、家畜传染病学和家畜寄生虫学学科组；临床兽医学系设有兽医内科学、兽医外产科学、中兽医学学科组。学院附设畜牧与兽医编辑部、动物医院、实验动物中心、动物药厂和40个校外教学实习基地。
“十一五”期间，学院承担了多项“973”、“863”、公益性行业专项、转基因重大专项、国家支撑计划等国家级重大项目和多项部、省科研项目及国际合作项目。每年平均在核心期刊上发表高质量的科研论文200多篇，其中SCI收录近60篇。在重大人兽共患病、重大动物疾病、动物寄生虫病、营养生理生化及调控、分子神经内分泌、功能基因表达及调控、细胞生物学、免疫病理、新兽药创制、畜禽营养代谢及中毒病、畜禽骨骼与关节疾病、动物生殖调控及中西兽医结合等方面的研究达到了国内领先或国际先进水平，取得了显著成果，其中，“猪链球菌病研究及防控技术”获2007年度国家科技进步2等奖，为国家经济建设和社会发展作出了重大贡献。
90余年来，学院为国家培养了5000多名本科生和研究生，其中有许多人已成为国内外著名的教育家、科学家和实业家等，为我国的畜牧兽医事业做出重要贡献。目前动物医学院在校学生共有1700多人。其中本科生887人，硕士生464人，博士生114人（外国留学研究生16人），兽医专业学位博士生和硕士生304人，博士后研究人员5人。为了奖励德、智、体全面发展的优秀本科生、研究生，学院设立了“罗清生奖学金”、“六和奖学金”、“辉瑞普强奖学金”、“恒丰强奖学金”、“仕必得奖学金”、“国龙奖学金”、“勃林格殷格翰奖学金”、“南农高科奖学金”、“春苗奖学金”、“上海农场奖学金”、“台湾信元”等十多项奖学金，最高奖金每人达10000元。
学院先后与德国、美国、日本、加拿大、丹麦、澳大利亚、英国、西班牙等国的有关学校、研究机构建立了合作关系，国际学术交流十分活跃。近5年，学院教师先后有110人次到国外进修，攻读学位或合作科研。他们回国后，在教学科研上发挥着重要作用。此外，学院先后举办近20期国际兽医针灸班，为日本、德国等国家培训了200多名学员。
在新的形势下，南京农业大学动物医学院以培养高素质创新性人才为根本，以满足国家重大需求和服务社会需要为己任，团结、求实、拼搏、奋进，力争为国家和社会做出更大的贡献。
动物医学
A培养目标：培养从事与动物健康和卫生相关工作，德、智、体、美全面发展，具有创新精神和实践能力的应用型、复合型人才，为促进畜牧业发展和保护人类健康服务。相关的领域包括：畜禽、伴侣动物疾病和人与动物共患疾病的诊断与防治，环境与动物保护，动物检疫，动物产品安全，动物产品进出口贸易，动物药物和生物制品生产等。
B培养对象：本科，学制五年，授予农学学士学位
C主要课程：动物解剖学、动物组织胚胎学、动物生物化学、动物生理学、兽医药理学、动物病理学、兽医微生物学、兽医免疫学、动物性食品卫生学、兽医临床诊断学、兽医寄生虫病学、家畜传染病学、家畜内科学、家畜手术学、家畜外科学、兽医产科学、中兽医学等。
D就业情况：就业率100%，其中升学率约40%。去向主要是科研院所、高等院校、企事业单位和一些政府部门，从事教学、科研、防疫、检疫和兽医临床诊疗等工作。
动物药学
A培养目标：培养从事与动物药品和动物生物制品研究与开发相关工作，德、智、体、美全面发展，具有创新精神和实践能力的应用型、复合型人才，为提高我国动物药品和动物生物制品的质量和竞争能力服务。
B培养对象：本科，学制五年，授予农学学士学位
C主要课程：实验动物学、动物形态学、动物生物化学、动物生理学、动物药理学、动物毒理学、动物病原学、分子生物学、药物制剂学、物理化学、药物化学、药物分析、中药制剂学、动物免疫学、兽医生物制品学、兽医法规等。
金善宝实验班（动物生产方向）
A培养目标：培养德、智、体、美全面发展，具备动物医学、动物药学、动物科学等方面的基本理论、基本知识和基本机能，能够在与动物健康和卫生、牧产业及相关部门或单位从事教学、科研、开发与技术推广等工作的创新型、复合型人才，为促进畜牧业发展和保护人类健康服务。
B培养对象：本科，动物健康方向学制5年，动物生产方向学制4年，授予农学学士学位
C专业分流：实验班实行中期考核与分流制度。在第五学期初实行分流，分流方向为动物健康方向（动物医学院）和动物生产方向（动物科技学院）；未达到学校要求的学生，取消强化班学习资格，转入动物医学、动物科学类相关专业学习。
D主要课程：动物学、动物解剖学、动物组织胚胎学、动物生物化学、动物生理学、兽医药理学、动物病理学、兽医微生物学、兽医免疫学、动物性食品卫生学、兽医临床诊断学、兽医寄生虫病学、家畜传染病学、家畜内科学、家畜手术学、家畜外科学、兽医产科学、中兽医学、生物统计与试验设计、动物遗传学、动物营养学、动物繁殖学、家畜育种学、饲料学、家畜环境卫生学、牛羊生产学、猪生产学、禽生产学等。
E深造方向：基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学、动物遗传育种与繁殖、动物营养与饲料科学等。
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