细菌通过新陈代谢不断合成菌体成分，此外，还能合成许多在医学上具有重要意义的代谢产物。
（1）热原质
或称致热原，是细菌合成的一种注入人体或动物体内能引起发热反应的物质，多由革兰阴性菌产生，热原质即其细胞壁的脂多糖。
热原质耐高温，高压蒸气灭菌（121℃，20min）不被破坏，250℃高温干烤才被破坏或用吸附剂去除。在制备和注射药品过程中应严格遵守无菌操作，防止细菌污染。
（2）毒素和侵袭性酶
外毒素是多数革兰阳性菌和少数革兰阴性菌在生长繁殖过程中释放到菌体外的蛋白质，毒性强；内毒素是革兰阴性菌细胞壁的脂多糖，当菌体死亡崩解后游离出来；某些细菌可产生侵袭性酶，促使细菌扩散。
（3）色素
分水溶性和脂溶性两种，有助于鉴别细菌。
（4）抗生素
是由某些微生物在代谢过程中产生的一类能抑制或杀死某些其他微生物的物质。大多由放线菌和真菌产生。
（5）细菌素
是某些菌株产生的一类具有抗菌作用的蛋白质，只对有近缘关系的细菌有杀伤作用，如大肠菌素。
（6）维生素
肠道内大肠埃希菌能合成B族维生素和维生素K，可被人体吸收利用。
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